In der aktuellen config.txt stehen alle Methoden die pi linux unterstüzt:
# Flips the display using the LCD's inbuilt flip functionality. Rotation: 0 = normal, 1 = 90°, 2 = 180°, 3 = 270°
# lcd_rotate=0
# Rotate in gpu instead. 90 and 270° require extra memory!
# display_hdmi_rotate=0
# For legacy drivers, same as display_hdmi_rotate
# display_lcd_rotate=0
# Deprecated, for backward compatibility
# display_rotate=0
lcd_rotate geht wie man sieht nur wenn das Display dies unterstützt. Da aber nur touch rotiert wurde vermute ich das es das Problem ist. Probier daher mal
display_hdmi_rotate=180
zum vergleich.