Das dürfte eig. nix mit Repetier zutun haben, nutze selbst BLTouch's an 2 Geräten über Repetier.
Hast du ein G28 im Gcode ? Start/End Script? Dies deaktiviert dein Mesh ja auch.
Du kannst es ja im Start-Gcode einfach mit "M420 S1" aufnehmen, jedoch nach dem Homing (G28).
Du sagst ja selber: Immer NACH dem G29 war dein Leveling-State aktiv. Für mich klingt das nach Normalzustand. M420 S1 wird dein Mesh wieder aktivieren.