Der Fehler ist uns noch nicht passiert, weshalb es schwer zu finden ist. Die Dateien sind für gewöhnlich nicht weg, sondern der server hat vermutlich Probleme sie zu lesen. Um den Fehler zu beheben wäre es gut wenn du das Verzeichnis kopieren und uns schicken könntest (hoffe das es komprimiert nicht zu lang ist). Je nach Betriebssystem (welches nutzt du) ist das wo anders was das Startverzeichnis angeht. In linux wäre es /var/lib/RepetierServer, bei windows /Program Data/RepetierServer.
Dann im printer Unterverzeichnis gibt es ein Verzeichnis pro drucker. Hier das von deinem zippen und zusenden (pastebin/dropbox). Die gcodes liegen im Models Verzeichnis und eines Davon stört den Leseprozess denke ich was dann zum Problem führt das du gar keins davon siehst. Aber solange wir kein Beispiel haben um zu sehen was stört ist es schwer zu beheben.
Wenn du Linux benutzt denk auch dran den rechner immer sauber runter zu fahren, sonst könnte das Dateisystem defekte bekommen, die auch Probleme machen. Im Manual steht wie man das auch vom server aus kann, wenn entsprechend vorbereitet.
